肛瘺的檢查化驗最簡單的方法是直腸指檢，其他方法還包括染色法、探針檢查、造影、超聲。

1.直腸指診 在內(nèi)口外有輕度壓痛，少數(shù)可捫到硬結(jié)。

2.亞甲藍染色法 將白濕紗布塞入肛管及直腸下端，通過外口向瘺管內(nèi)注入亞甲藍1～2ml，然后取出肛管內(nèi)紗布，根據(jù)紗布上有無亞甲藍染色及染色部位來明確瘺管的存在及內(nèi)口部位。

3.探針檢查 用探針通過外口插入管道，以明確瘺管的位置及內(nèi)口所在。此法一般在手術(shù)時麻醉下進行，如操作不當或不熟悉此法可能造成假道形成。

4.瘺管造影 自外口注入30%～40%碘油，X線攝片可觀察瘺管分布，多用于高位復雜性肛瘺及蹄鐵形肛瘺的診斷。Yang(1993)檢查臨床疑有肛管直腸膿腫或瘺管17例，6例臨床上疑有膿腫，肛管超聲AUS檢查也有膿腫表現(xiàn);另外82%(9/11)AUS查出有瘺管，而臨床常規(guī)檢查未能發(fā)現(xiàn)。

5.肛管超聲 對括約肌間瘺有時有確診價值，但無法確診括約肌外瘺及經(jīng)括約肌瘺。

6.MRI檢查 Lunniss報道了35例此法檢查結(jié)果，與手術(shù)結(jié)果一致率分別為：原發(fā)性肛瘺(85.7%)，繼發(fā)瘺和膿腫(91.4%)，蹄形瘺(64.3%)，瘺內(nèi)口80%。從而認為MRI檢查時確診肛瘺位置有極高的準確性。